The problem is when he will come.

間節疑問文（文中に疑問詞を含む節がある文）

語順に注意
The problem is when he will come.

通常の疑問文は、when will he come?の語順。
間接疑問文として他の文の中に入る場合は、when he will comeという語順になる。

間接疑問文が置ける場所(今日の例文は目的語の位置）
主語・目的語・補語・前置詞のうしろ

whetherとifの場合
whetherは、主語・目的語・補語・前置詞のうしろに置けるが、ifは目的語の位置のみ。

街角で見かけた英語（メルボルン）

on weekendsと、sがついている場合は、「毎週末」。